Los orígenes del CCIQS se remotan al año 2004 cuando el M. en C. Jesús Pastor Medrano tomó la dirección de la Facultad de Química de la Universidad Autónoma del Estado de México (UAEM) y planteó la creación de un modesto centro de investigación en Química durante su primera reunión con la Comisión de Planeación Académica de la UAEM. El punto clave de la concepción del CCIQS UAEM-UNAM se dió en el año 2005 en una plática con el Dr. Raymundo Cea Olivares, se propuso la creación de un Centro de Química en colaboración con ambas universidades.

El CCIQS cuenta con laboratorios de investigación experimental dedicados a las áreas de Química Orgánica, Química Inorgánica, Electroquímica, Ingeniería Química, Nanotecnología, Química de Materiales y Química Ambiental, también cuenta con un laboratorio de Fisicoquímica Teórica y ocho laboratorios de Servicios Analíticos.