Bases moleculares del funcionamiento de proteínas:
Nuestra línea de investigación persigue profundizar en la comprensión de los determinantes energéticos y estructurales del plegamiento/ensamble y del reconocimiento molecular de proteínas de interés biomédico. Nuestra labor experimental se centra en caracterizar el mecanismo y la termodinámica del plegamiento y asociación de diferentes tipos de sistemas proteicos, haciendo uso de las poderosas técnicas calorimétricas de alta precisión.
Por otro lado, hacemos uso de técnicas espectroscópicas de diferente resolución (dicroísmo circular, fluorescencia, dispersión dinámica de luz, espectroscopía UV, rayos X, RMN, termoforesis, espectrometría de masas, etc.), así como de herramientas teóricas como la dinámica y el modelado molecular, para caracterizar la estereoquímica tanto de la estructura estática como de sus fluctuaciones dinámicas. Usando como plataforma este marco cuantitativo, desarrollamos una vertiente enmarcada en el diseño in silico de moléculas tipo fármaco, en la que se persigue la inhibición de proteínas blanco de relevancia farmacológica. Para ello, hacemos uso de técnicas de dinámica molecular para el diseño de moléculas orgánicas pequeñas, y de técnicas bioinformáticas basadas en métodos de evolución molecular simulada y de predictores de interacción proteína-proteína para el diseño de péptidos basados en zonas de la proteína blanco relevantes para su funcionamiento. Nuestros sistemas modelo de estudio incluyen a la ATP sintasa de organismos eucariontes y patógenos bacterianos, lipocalinas involucradas en el transporte de ligandos hidrofóbicos pequeños, lectinas capaces de reconocer de manera selectiva distintos tipos celulares, y enzimas tirosina-cinasas involucradas en el desarrollo y establecimiento de diferentes tipos de cáncer. Impulsados por la problemática impuesta por la pandemia del SARS-Cov-2, creamos un grupo multidisciplinario de investigación que busca la producción, caracterización estructural, y el diseño de estrategias de inhibición de proteínas claves en el ciclo de vida del virus, con fines profilácticos o terapéuticos contra la COVID19.
Bases Moleculares del Reconocimiento Proteína-Ligando y su Aplicación en el Diseño de Fármacos. Posgrado en Ciencias Bioquímicas, UNAM.
De los Genes a la función de las Proteínas. Carrera de Biología. Facultad de Ciencias, UNAM.
Se reciben alumnos para realizar tesis de Licenciatura y Posgrado.
Nivel III del Sistema Nacional de Investigadores (2023).
PRIDE Nivel “D” (2016).
Nature Publishing Group Awards for Gordon Research Conference Attendee (2008).
Becario del Programa de Estancias de Verano/Otoño de Investigación Química en Laboratorios de EUA, Academia Mexicana de Ciencias/Fundación México-Estados Unidos para la Ciencia/American Chemical Society (2003).
Becario del Consejo Superior de Investigación Científica de España para realizar estancia corta de investigación en el Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (2001).
Medalla al Mérito Universitario, doctorado en ciencias, Universidad Autónoma Metropolitana (1998).
Medalla al Mérito Universitario, maestría en biología experimental, Universidad Autónoma Metropolitana (1995).
Mención Honorífica obtención del título de biólogo, Universidad Nacional Autónoma de México (1990).
Medalla “Gabino Barreda”, Universidad Nacional Autónoma de México (1990).
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Valdez-Cruz, N.A.; Rosiles-Becerril, D.; Martínez-Olivares, C.E.; García-Hernández, E.; Cobos-Marín, L.; Garzón, D.; López-Salas, F.E.; Zavala, G; Luviano, A.; Olvera, A.; Alagón, A.; Ramírez, O.T.; Trujillo-Roldán, M.A.* Oral administration of a recombinant modified RBD antigen of SARS-CoV-2 as a possible immunostimulant for the care of COVID-19. Microb. Cell. Fact. 2024, 23(1), 41. https://doi.org/10.1186/s12934-024-02320-5
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