El Instituto está integrado por cinco departamentos: Fisicoquímica, Productos Naturales, Química de Biomacromoléculas, Química Inorgánica y Química Orgánica, y por los que el Consejo Técnico de la Investigación Científica apruebe a propuesta del Director, previa consulta con el Consejo Interno. Los departamentos de investigación dispondrán de los espacios e infraestructura para la mejor realización de sus tareas, de acuerdo con los programas y el presupuesto del Instituto. Cada departamento estará a cargo de un jefe, designado o removido en su caso por el Director. El nombramiento deberá ser ratificado por el Consejo Técnico de la Investigación Científica. Para ser nombrado jefe de departamento deberán satisfacerse los siguientes requisitos: Ser investigador interino o definitivo de tiempo completo. Tener una antigüedad laboral de cuando menos tres años en el Instituto. Tener una línea de investigación correspondiente al departamento para el cual es designado jefe.

Los jefes de departamento tendrán las siguientes atribuciones: Presentar al Director las necesidades del departamento, así como cualquier reorganización académica del mismo. Conocer y apoyar los programas de trabajo del personal de su departamento aprobados por el Consejo Interno. Colaborar en la organización de eventos académicos de relevancia para el desarrollo del departamento. Las demás que le señalen el Director y este reglamento.